Как двух детей вернуть в детский дом, а одного оставить?

По общему правилу — нет, оставить одного приёмного ребёнка из троих братьев и сестёр нельзя. Закон защищает родственные связи: детей, которые являются братьями или сёстрами, как правило, стараются передать в одну семью (под опеку, в приёмную семью или на усыновление). Это закреплено в пункте 5 статьи 145 Семейного кодекса РФ и пункте 3 статьи 124 СК РФ.
Однако из этого правила есть исключение: раздельное устройство допускается, если органы опеки и попечительства или суд установят, что оно отвечает интересам самих детей. То есть в каждом конкретном случае решение принимается индивидуально.
На практике это может быть допустимо, например, в таких ситуациях:
дети никогда не проживали вместе и не знали о родстве;
они находятся в разных детских учреждениях и физически не могут воспитываться вместе;
по состоянию здоровья совместное проживание создаёт риски для кого-то из детей;

сами дети (или их законные представители) выражают согласие на раздельное воспитание.
При рассмотрении таких вопросов специалисты (органы опеки, суд) тщательно изучают обстоятельства: как дети связаны, насколько сильна их взаимная привязанность, есть ли у них возможность общаться в будущем. Иногда для оценки ситуации привлекаются психологи или врачи.
Важный нюанс: если вы как приёмные родители хотите отказаться от воспитания одного из детей (например, из-за конфликта или сложностей в адаптации), закон не запрещает вам это сделать — вы вправе обратиться в органы опеки с соответствующим заявлением.
У вас есть шанс. Нанимайте адвоката, и добивайтесь результата.

Возвращай трёх, потом оформить опекунство над одним.