Как понять на чьей стороне руководитель?

В чужую голову не залезешь.

Он считает, что если она не угомонится, то он её уволит и возьмёт новую, которая не будет конфликтовать.

На своей

Он не прав
Кого бы он ни считал зачинщиком, кого бы умнее
Говорить надо с обеими

по разному может быть, может считать ее той, кто скорее прогнется, или считать ее умнее, или зачинщицей.

Написано вроде, что никого увольнять не собираются

вот и непонятно...

Это сейчас не собираются.
Но позже соберутся.

Я вас умоляю, незаменимых нет. Более того, у той, с которой ведут беседы, положение более слабое, от нее избавятся в первую очередь, если за ум не возьмется и не прекратит разводить базар-вокзал на работе. У второй позиции явно покрепче.

речь не о том что они незаменимые
просто там богадельня
госслужба, там штат можно втрое сократить
но людей жалеют
та с кем беседы ведут - неформальный лидер и любимчик

Руководитель ни на чьей стороне, он на своей стороне, и его задача сделать так, чтобы рабочие процессы не страдали от конфликта. Разговаривает он с тем сотрудником, который более договороспособен, легче прогибается или более вменяем. Потом что с упрямым и неадекватным человеком разговаривать бесполезно, он только больше разозлиться. Вопрос не в том, кто на чьей стороне и кто более прав, а кто из них сотрудников способен пойти на уступки и договориться.

Так вы ответили на вопрос в теме: более адекватен первый сотрудник. Вряд ли руководитель будет на стороне неадеквата)