Здравствуйте, Ольга! Ситуация интересная и не очень понятная. Здесь бы побольше информации, с разбором конкретных случаев более подробно.

Из с того, что я услышала, можно было бы действовать следующим образом:
Насколько я поняла, с директором у Вас в целом хорошие отношения и вы можете обсуждать такие темы. Это огромный плюс. Отсюда я бы исходила.
Ему самому сложно вербализовать то, к чему у него недовольство Вами. Попросите его отследить это ощущение в каких-то ситуациях и сразу же сказать Вам. На основании этого Вы сможете проанализировать, чем вызваны его непонимания. Таким образом и ему и Вам станет легче.

И потом, с этой информацией уже Вы сможете понять как действовать и надо ли Вам это. Тем более, что непосредственно к Вашей работе у него нареканий нет. А это именно то, что связыает ваши взаимоотношения.

Удачи Вам, Ольга!