МРТ не может заменить колоноскопию при подозрении на серьезные заболевания, угрожающие жизни пациента. В тех случаях, когда необходимо детальное изучение состояния отдела толстого кишечника, используют эндоскоп. Устройство позволяет взять выполнить удаление полипа, пробы слизистой из патологического очага для биопсии, что помогает определить характер процесса (рак или доброкачественное образование).