Навредит ли развитию организма?

Конечно.
Ваш растущий организм должен получить нормальную дозу калорий в день. 500 если вы не лежите на кровати 24/7 это ооооочень мало.

Если у вас лишний вес, то убирать нужно жирные продукты (чипсы, сало), сахар (сладкое, газировки) и быстрые углеводы. Есть белок в нужном количестве и углеводы типа риса, гречки.
Ставьте приложение fatsecret.

если тебе действительно 13 лет, и ты сидишь на этом сайте, считаешь калорийность еды, то тебе не стоит беспокоиться о собственном развитии. оно уже имеет заметные повреждения

Не надо диет. В 13 лет организм интенсивно развивается, и для этого нужна энергия. Если сейчас ты полноватая, с возрастом это уйдет.

Именно в 13 и до 16 минимум идёт гормональная перестройка, вырабатывается новые гормоны. Поэтому сахара точно нужны для питания мозга. Да тело в этом возрасте растёт, мышцам нужно откуда-то строительный материал брать.
Обычно, уже взрослые леди на диетах едят 1200-1500 ккал, и это считается малым количеством. А 500 ккал это порядка 600 грамм овсянки, но организм это неполноценно напитает

Нет нельзя. Навредит и очень сильно.