Могу ли я поступить в колледж на базе аттестата за 9 класс, если за 11 хуже?

Смысл? На платку и с 3.0 проходят.
А так на год больше учиться

Да.

На базе 11 класса учиться меньше времени, чем на базе 9. Потому что те, кто поступают после 9 класса, изучают по программе в колледже школьные предметы, в том числе. Так что зачем себе усложнять жизнь и удлинять обучение? 3.9 - нормальный балл, должны взять, это же не 3.0.