Каждый человек верит в то, во что он хочет верить. И тут почти всё зависит от мировоззрения и миропонимания. Большинство атеистов считают и верят в то, что все люди - отдельные личности, которые ни с кем и ни с чем не едины.
И если иметь такое мировоззрение, - то есть, если убеждать себя в том, что все разъединены и отделены, - тогда так оно и будет казаться человеку. Мысли играют очень важную роль в нашей жизни. Если думать и убеждать себя в том, что "все окружающие - плохие люди", то так оно и будет для человека, который это себе решил.
Поэтому субъективный фактор тут очень важен. Тем более, что объективно нельзя никак доказать, что все люди едины. Потому что ведь кажется, что все отделены друг от друга. Так что это дело личного понимания и переживания.
Например, с моей точки зрения, все люди, животные, растения, и вся неживая природа - едины. Это всё составляет единый организм планеты Земля. Земля едина с Солнцем (не на физическом уровне, конечно). Солнце едино со всеми звёздами галактики. А все галактики связаны между собой и образуют единую вселенную (которая состоит из множества миров и мульти-вселенных).
Так что, нет, человек может только казаться одиноким, - если, например, он ни с кем не общается. Но даже такой персонаж не одинок в том плане, что на других уровнях бытия (кроме физического уровня) он тесно связан со всеми другими, - знает ли он об этом, или не знает.