Есть ли организации, которые защищают интересы туристов, 

Я плачу картой. Сразу жалуюсь в банк, если меня обманывают. Там разбираются и , обычно, в мою пользу.

роспотребнадзор, прокуратура, обэп. в роспотреб можно написать через сайт, но ответ(отписку) ждать месяц минимум. приготовьте все чеки, прайс-листы компании, договора и прочее. пишете им письмо что вынуждены обратиться в прокуратуру и роспотреб и обращаетесь.

Нет, дипломатические организации не будут разбираться с турагентствами, магазинами, ресторанами и пр., это не их функции. То, что вы описали, к сожалению, случается. Деньги вам вернут, так как вам уже подтвердили, что списание произошло из-за сбоя в системе. Организация в которой работаю я возвращает деньги в таких ситуациях в течении месяца, ещё раз звонить и писать бесполезно - такая процедура. Я думаю в вашей конторе приблизительно тоже самое.
Если вы хотите, чтобы за вас кто-то разбирался, совет номер 1 правильный, платите кредитной картой и оспаривайте неправильное списание с банком. Но быстрее вы деньги назад не получите.

так сбой произошёл не в банке,а у этой организации. Я сдала байк и у меня не зафиксировался факт сдачи. И я заметила это по горящему цвету на терминале, до вечера высвечивалась инфо как будто он в аренде и натикало как у таксиста по счётчику. но не дозвониться от достучаться до них не могла. На почту не отвечают, телефон не берут. Зато списание сделали как полагается в виде штрафа и вчера я по карте улетела в минус . Звонила в банк, сказали что в течение 60 дней ведут дела, но чтобы они вернули деньги нужно чтобы сама орга признала факт сдачи велосипеда. Или это обязанность банка за подобные вещи выбивать деньги??

а роспотребнадзор сможет связаться с иностранной организацией? Терпения мне не занимать, я у иностранных авиакомпаний за русскую таможню выбивала деньги

В этом и красота кредитной карты. Вы оспариваете списание, они стараются получить свои деньги - очень распространённая в мире практика. Вы правы в том, что это займёт сколько-то времени.
Да, кляузы писать бесполезно. Если так хочется выговориться, напишите отрицательный отзыв на TripAdvisor, хотя он там в море других жалоб потонет.

горгона спасибо. а вы можете помочь с переводом?