По моему необходимо для начала здать анализы. ОАК, ОАМ, мазок. А дальше специалист вам назначит лечение. Так как если во рту вирус, бактерии, грибок, значит в организме воспалительный процесс. А до приёма - полоскать рот в целях профилактики антибактериальным средством, например, хлоргиксидин.