Проблемы с кишечником и ваша предполагаемая беременность никак не связаны. Скорее всего, просто неправильное питание. А насчет зубов - обезболивание точно неопасно даже для заведомо беременных, а рентген - нежелательно.
Так что думаю, лучше перенести запись к стоматологу на неделю вперед, если это плановое удаление, а не потому что разболелся и надо срочно. Если месячные так и не придут - сделаете тест и убедитесь в наличии или отсутствии беременности. Если придут - сходите с зубом после их окончания, так как плановые удаления зубов в месячные не рекомендуют: понижен болевой порог, понижена свертываемость крови. Экстренные - конечно, можно, но с учетом того, что кровить и заживать может дольше и болеть может сильнее.
А незащищенный секс у вас был на какой день цикла? Когда в прошлый раз месячные пришли?