Побочка от амоксиклава минимальна, максимум дисбактериоз . Антибиотики, на самом деле, довольно безвредная штука. Кроме того, надо помнить , что недолеченную инфекцию все равно потом будут долечивать антибиотиками , только уже в инъекциях и дозировки в десятки раз больше пойдут в ход.
Так что лучше проконсультироваться у допкгого врача, и, возможно, пропить курс до конца