Думаю, все-таки отстранить вас не могут, беременность как раз противопоказание к вакцинации, а насчет выплат рассчитывать пособия вам будут по данным за предыдущие года, поэтому выплаты вы все равно получите - сначала будет неоплачиваемый отпуск, потом он перейдет в больничный по беременности и родам, а затем в декретный отпуск. На всякий случай чтобы вам было спокойней, уточните в вашем отделе кадров)