В зарубежных вузах, я думаю, в первую очередь по количеству научных публикаций, которые были опубликованы профессорами этого вуза в соавторстве с аспирантами в топовых научных журналах и вообще по количеству научных работ, их цитируемости и количеству научных разработок, каких-то достижений и открытий. В России - понятия не имею, посколько сейчас она полностью отрезана от мирового научного сообщества и публикаций в зарубежных журналах.