Кто понимает в налогах,подскажите пожалуйста.

Скорее всего по итогам проверки вышла сумма, поэтому так поздно, укажите эту сумму в следующей декларации, приложив копию письма (я не налоговик, но поступила бы так).
Или распечатайте платёжку с сайта ФНС, оплатите эти 109 руб., пусть "висят". Мы так делали пока с транспортным налогом разбирались.

Не пысьма, а конверта со штампом.

Что в письме написано? Вам предлагают эти 109 руб. внести в кассу предприятия? Пусть позвонит в бухгалтерию и спросит. Тут 2 варианта.
1- Нашли ошибку, внесли свои деньги от его имени и перечислили в бюджет.
2 - Подали сведения как есть в налоговую, тогда надо будет эти 109 рублей в бюджет заплатить.
А то, что письмо пришло - так положено по законодательству.

В процессе проверки Вам выпишут акт и решение, ндфл за квартиру вам вернут, но на 1190 меньше ( 1000 штраф+190 налог, ну и пени мизерные), не партесь короче.

109 ошиблась

Эээ, какой штраф? Уточненку надо подавать!

"При обнаружении налогоплательщиком в предоставленной им Декларации
 недостоверных сведений (не отраженных, не полностью отраженных данных), ошибок,  приводящих к занижению суммы НДФЛ, подлежащей уплате, налогоплательщик ОБЯЗАН внести необходимые изменения и представить в ИФНС уточненную Декларацию."

Я думала, что штраф дадут налоговому агенту (предприятию), они ведь не исполнили НК, а письмо прислали, т.к. плательщик - муж Автора, он уволился, ЗП нет, поэтому он сам должен заплатить. Почему ему штраф?

Правильно Вы думаете, штрафуют предприятие.
Лучше всего позвонить на работу и уточнить, что ему делать. Может, они сами обнаружили ошибку и внесли эти несчастные 109 руб. от его имени. А может сдали НДФЛ с признаком 2 (налог не удержан), тогда эта инфа попала в налоговую.

Вы не в теме вообще.

С каких это пор закон такие фокусы допускать стал? Что, прямо в налоговую занесли?
Уплата НДФЛ за налогоплательщика за счет средств налогового агента запрещена.

Дадут конечно, только не за это, а за неисполнение обязанностей налогового агента, в размере 20% от 109 руб.
А вот мужа пациентки подтянут по полной программе за неправильную декларацию.
а кто доходы от компенсации проезда не отразил в 3НДФЛ? Тому и штраф.

Вы поймите, тут 3 правонарушения у 2 налогоплательщиков, а вы хотите все 1 штрафом закрыть, а то и вообще ничего не платить.

спасибо всем ответившим,в письме написано ,что мы сами должны были идти в налоговую до 30 апреля 2014 ,сдать 3ндфл и потом заплатить.

Вы прочли невнимательно. Я имела ввиду от физлица в кассу предприятия внести эти 109 рублей, которые не удержали своевременно, и перечислить их, вот и все. Блин, Вы как не в России живете.

Ха! А Вы подумали, что я имела ввиду, что они в налоговую 109 руб. за него заплатили? :))) Только сейчас докумекала до сути вашего возмущения... да уж.. мне бы даже в голову такое не пришло, а вот Вам пришло :)))

А на одну и ту же сумму разве бывает два штрафа?