Это интуиция мне кричит или я мнительная?

Ваша усталость вполне понятна. Она идет не от какого-то одного поступка, а от самой ткани этих отношений. Человека вроде бы не за что «осудить», она не предавала, не делала зла, но душа сжимается, тело противится, перед встречей тяжело. Это не мнительность. Это — усталость быть с человеком, который всё время смотрит на тебя не глазами, а меркой.
Да, иногда наше отторжение — это сигнал. Не всегда драматичный: «беги, спасайся», но честный — «тебе здесь неудобно». И если 9 лет Вы это терпели, стоит спросить себя: а что удерживало? Быть может, ощущение нужности? Чувство, что Вы — опора для неё? Или жалость? Иногда мы остаёмся в связях, которые ведут к выгоранию, потому что боимся быть "плохими", уйдя. Или потому что рядом с таким человеком чувствуем себя «взрослее, устойчивее». Это и есть вторичная выгода, где Вы — тот, кто "знает, умеет, может", а она — вечно ищущая. В этом есть некая власть, но и своя цена.
Судя по всему, подруге тяжело быть в контакте. Такие люди часто тревожны, изнутри напряжены, поэтому ищут контроль: допрашивают, сверяют, сравнивают. Это может быть чертой личности, а может быть проявлением глубокой неуверенности. Порой у таких людей есть черты, близкие социальной тревожности или даже к расстройствам аутистического спектра, где шутка, интонация, намёк воспринимаются буквально. Им и правда сложно быть «просто с людьми», у них отсутствуют навыки общения. И им тяжело.
Можно ли помочь? Иногда — да. Но не через упрёки. А через мягкое обучение. Посоветовать ей что-то почитать о тонкостях общения, можно даже учебник, книгу Т. Мужицкой или других авторов. Или просто подсказывать ей на отстранённых примерах, что людям важно чувствовать уважение, лёгкость, не быть объектом допроса.
И главное: не мучить себя чувством вины за то, что Вам тяжело. Дружба — это не подвиг. Это не жертвенность. Это пространство, где можно дышать. Если Вы не можете дышать рядом с ней — значит, дело не в Вас. И не в ней. А в том, что Ваши души слишком по-разному устроены.