Тут есть несколько вариантов решения проблемы:
1) после мытья кроссовок устраивайте чистку стиральной машине. Ставьте на самую высокую температуру и погоняйте часик, в барабан можно добавить лимонную кислоту (полезно для машинки), уксус, либо же специализированные средства. После этого и запаха не будет, и белье без микробов и все отлично)
2)стирайте кроссовки в тазике руками, тогда машинка не будет заделываться (лично я делаю именно так).
3) стирайте трусы руками и с хозяйственным мылом. Хозмыло убивает грибок и микробы, на ночь пару-тройку трусиков стирануть руками не так уж и сложно (делаю так каждый день почти, от хоз мыла все трусики белые, такие же, как после покупки, выглядят прекрасно, не тускнеют, в отличие от стирки в машинке).
Вопреки заблуждениям, стирать вместе одежду и трусы можно - если вы не врач в гнойном отделении или в кожвендиспансере, то на одежде у вас вряд ли будут хотя бы какие-то заразные микроорганизмы, максимум пыль с улицы. А она не опасна.
А вот ботинками мы ходим и в туалеты, и мусор выбрасывать, и во всякие странные лужицы можем наступить, так что от них не только на трусы могут заразы перекочевать, но и на одежду и на постельное белье с подушками.
Так что я бы советовала стирать обувь в тазике или в раковине ванной, а после всего обрабатывать ее антимикробными средствами.