Начать, все же, надо с гастроэнтеролога. Автор больше двух месяцев вымывает себе микрофлору, а точнее уже вымыла ее и вряд ли само собой все восстановится. Надо обследоваться, сдать анализы, которые назначит гастроэнтеролог. Речь-то уже не о восстановлении микрофлоры и не о "слезть с клизм", а о серьезных проблемах в здоровье и о лечении.
Хирург не очень понимаю, зачем нужен, но к проктологу, скорее всего, тоже надо идти. Колоноскопию делать.