Вообще чтобы животное привыкло к дому используют клетку (или переноску). Садят туда кота, закрывают все части кроме одной, через которую он видит комнату. так животное чувствует безопасность.
Но котенок может кричать и по другой причине.
У меня как то был мелкий, он спал с медвежонком. его игрушка успокаивала.
Мой кот категорически не хочет спать один, кричит. Ему уже 5 лет и мы просто смирились, что он спит на подушках.
Оставаться в квартире самостоятельно животное рано или поздно привыкнет.
p.s Советовали взять ещё одного, чтобы они вдвоем игрались, но возможности такой нет.