Через госуслуги или обратиться в налоговую, а там все расскажут. У меня УСН, налог 6%. Платится автоматически: у меня счет в Хайс банке, там бесплатная бухгалтерия. Для вывода там же открыла дебетовую карту физлица, на нее деньги со счета и вывожу. Комиссии нет, если переводишь до 250к в месяц (это на самом дешевом тарифе такой лимит, можно и больше)