Могу ли я оформить самозанятость, на ту карту куда получаю пенсию по инвалидности?

снимут инвалидность,если не существенная

Можно не привязывать карту, в приложении Мой Налог это не обязательный пункт.
Я не привязывала ничего. Каждый раз отдельно плачу налоги с удобной мне карты.

Да, можете, карту я вообще не привязывала.

А вообще, обязательно регистрация в приложении мой налог? Могут снимать сразу например при поступлении на карту

Конечно, статус самозанятого появляется именно после регистрации в приложении Мой Налог.
Чеки выписываются там же.