Какая, ***, ОС на фпга-чипе? Она там на чём, на отдельных триггерах и регистрах исполняться будет? Такое разве что на хакерских фестивалях делают.
Реализацию усб хоста надо искать. Наверняка либы есть. В примерах там вроде обещают пополамную искаропки, кстати. Но сырцы не обещают.