Что не так с русской транскрипции имён ?

Это не из Джорджа получили Георгия, Джордж и Георгий получили от греческого имени Георгиос. Также от еврейского имени Элишева получили Елизавету и Элизабет, и т.д. Как это точно происходило не знаю, может просто разные народы говорят на разных языках, и могли искажать имени чтобы им произнести было удобно. Также языки меняются, вроде звук Г из латинского в его языках потомках, например в итальянском преобразовался во многих словах в Дж так имя которое сначала произносли с Г потоп начали уде с Дж, но я не экперт в этом.

Может то, что во времена, когда эта транскрипция формировалась, на аглицких знаках никто не говорил? В те времена в ходу были французский, немецкий языки, даже на латыни говорили.

А как из Джеймса получился Яков?

Яков получился из Джейкоба

это зависит от языка в которое имя попало. почти многие европейские имена еврейского, римского и греческого происхождение. "оригинальное" звучание имени отличается от английского, французского и тд произношения.