Может он тот человек которому иногда хочется побыть в одиночестве? Я считаю что в паре люди должны уметь отдыхать отдельно друг от друга. Может он очень устал и не знал что делать. Поэтому подумал что ему нужно уйти. Может вам попробовать решить эту проблему так : 1-2 раза в месяц вы на все выходные перестаёте общаться. Разъезжаетесь, не звоните не пишите друг другу двое суток.
Это отличное упражнение. Оно позволит вам понять как вы дороги друг другу. И таких уходов больше не будет

Здравствуйте. Сама увлекаюсь писательством и могу сказать точно , что есть пара причин. 1. Как вы и сказали, это непопулярность фэндома или пэйринга. 2. Сам сюжет истории не цепляющий, построен на клише и стереотипах.
Вообще на фикбуке многие сейчас платят за рекламу своих работ и так продвигают их. Если ваша работа оригинальная и денамичная, может проблема в том что ее мало кто замечает. Попробуйте прорекламировать непопулярный фанфик по средствам популярного. Напишите о том что у вас есть ещё одна работа и она тоже может кого-то заинтересует.