Автор, судя по интонации вы уже все сами для себя решили, к чему вопросы тут? Вы не доверяете врачу. Значит надо идти к другому.
1. Ничего "необратимо плохого " своему здоровью вы не сделали. Ничего страшного в уколах прогестерона нет , он действительно нормализует цикл.
2. Лучше сделать узи мж и сходить к маммологу для перестраховки
3. Если конкретно сейчас вас ничего не беспокоит то успокоится, ничего не пить и жить дальше
4. Если перебои цикла будут дальше (помня при этом что подвижность длины цикла до 5 дней норма), то нужно выяснять почему. Сдавать анализы на гормоны, делать узи, и пр.
Если сомневаетесь во враче, всегда лучше сходить к другому, но не читать и слушать рассказы-страшилки невротичек на форумах.