Шеф отпустил, но подколол....

правильно, что переживаете, вам придется потрудится.

Нацелена на труд....

Воспринял как манипуляцию.
Пересёк ненужное.

конечно! и это известно шефу, он уже точит карандаш.

Вот и я так поняла, и стало стыдно

то, как он понял, это его зона ответственности, перестаньте брать на себя лишнее и стыдиться своих проявлений. Быть благодарным и озвучивать это прямо по адресу - нормально, я бы даже сказала, что побольше бы таких людей, а то, негатив вылить все горазды, а поблагодарить вдруг стыдно становится, пусть будет лучше наоборот. И конечно, он может не привык к получению благодарности и может вы единственный человек в его окружении, кто его поблагодарил за доброту, и даже может быть он не знает, как на это реагировать, такое тоже может быть, но как я написала выше, это его проблемы, это его зона ответственности. И вообще м.б вас судьба свела, чтоб он научился принимать благодарность и наконец почувствовать каково это, когда в окружении есть благодарные люди, а вам научиться перестать стыдиться себя, когда говоришь людям хорошие слова и не важно, как они реагируют, научиться разделять свою и чужую зоны ответственности, ведь это и есть быть собой!