Вы никогда не брали распечатку в бухгалтерии по зарплате? Там написано сколько начислено, отдельная строка "подоходный налог" и потом "взносы на лицевой счет в банк". И на лицевой счет поступает начисленное за вычетом подоходного налога.
Зачем эта распечатка? А затем, например, что можно снизить свой подоходный налог (бывают вычеты на лечение, покупку жилья).