То есть, Вы повелись на просьбу контрагента? Зашли в базу 1С, нашли документ, скопировали в Excel, поставили нужную дату, отправили контрагенту, я правильно Вас поняла? А в Вашей организации все осталось по прежнему? А Вы согласовали эту махинацию с Главбухом, прежде чем, отправить НОВУЮ счет-фактуру?? То есть, сейчас у Вас разные счет-фактуры с контрагентом....
В такой ситуации, Вам нужно было подойти к старшему бухгалтеру, в группе доходов, кто отвечает за реализацию, объяснить и попросить сделать корректировочную или исправительную счет-фактуру и именно ее отправить контрагенту!
Как минимум, нужно поставить в известность свою бухгалтерию, что у клиента счет-фактура, отличная от счет-фактуры Вашей организации и они вместе с главбухом примут решение.
И еще, кто подписал счет-фактуру новую и чьи подписи стоят в ранее выданной, за директора и главного бухгалтера? Это одни и те же люди? Или Вы через ЭДО отправляете?