Договор ГПХ, помогите разобраться

в налоговую - да, в пенсионный - да, в ффомс - да, в фсс - нет.

Надо читать договор. Но вообще работодатель является агентом по удержанию и перечислению в бюджет его НДФЛ. Проверяется это получением справки по форме 2НДФЛ от работодателя по окончании такого договора и всех расчётов по нему.
Отчисления в ПФР работодатель тоже должен делать, проверяется получением выписки из ПФР по истечении нескольких месяцев после окончания договора. Отчётность в ПФР подаётся ежеквартально, значит если договор закончился в 3-м квартале, то в январе у ПФР уже должны быть по нему данные.
Кстати, трудящимся по таким договорам вменяется в обязанность по окончании налогового периода (года) подать декларацию по форме 3НДФЛ.

ГПХ - это что?

Нет

Вас не смущает, что договор не трудовой?

Гражданско-правовой. Чаще всего это оказание услуг.

Нет, не смущает: обязанность перечислять НДФЛ и предоставлять справку по форме 2НДФЛ у работодателя есть и в этом случае. А вот страховые взносы в ПФР и ФОМС перечисляются только если это договор на работы и услуги.

А "х" здесь причём? Тогда уж ГПД! То есть, гражданско-трудовой договор. Часто он бывает притворным, прикрывает трудовые отношения. Если запастись доказательствами, то можно в суде "переделать" его в трудовой, и потребовать всех положенных выплат. Работодатель будет в экстазе.

Зачем в суде? Достаточно оные предоставить ФНС.
"Гражданско-трудовой договор" - это что такое? Договор в данном контексте может быть либо трудовым (тогда он регулируется ТК РФ), либо гражданско-правовым (ГПХ - гражданско-правового характера), отношения по нему регулируются ГК РФ. В свою очередь договор ГПХ обычно бывает "подряда" (когда подрядчик по нему что-то должен сделать овеществлённое), "услуг" (когда оказываются услуги) и авторский.

Виноват. Конечно, гражданско-правовой договор (ГПД)!