Если колени болят во время нагрузки, возможно, вы не достаточно разминаетесь или не правильно разминаетесь перед занятием. Даже если собрались прыгать 3-5 минут, разминка необходима.
Скакалка в принципе очень травматичный вид занятий для коленей, для безопасности лучше добавить специальные наколенники для прыжков и бега, такие продаются в спортивных магазинах.
Кроме того, на чем вы прыгали? Прыгать на плоской поверхности, без специального коврика, на нетренированное тело - прямой путь к травмам. Поэтому найдите себе специальный коврик, мягкий и не тонкий, никакого асфальта, никакого бетона, никакого кафеля.
Далее обувь: даже если вы занимаетесь дома, для прыжков нужны кроссовки и в идеале беговые мягкие кроссовки, амортизирующие удар.
Со скакалкой очень много напряга, поэтому я бы порекомендовала сменить этот вид спорта на другой, особенно если до этого спортом вы не занимались. Для скакалки нужно поставить правильную технику прыжка, правильное движение запястий. Многие недооценивают опасность травм с ней, думают "ну я же в детстве прыгала", в итоге уже пара занятий, и вуаля, что-то порвалось/растянулось/ударилось.
Изучите глубже вопрос при занятии любым видом спорта, иначе из травм вылезать не будете.