Будут ли полагаться выплаты?

это же не из пионер-лагеря сбежать. дезертира ждет военный трибунал. если он будет признан виновным - его посадят в тюрьму. при этом действие контракта завершится. когда отсидит - то выплаты будут только если Мин Обороны заключит новый контракт, но насколько я знаю с 500-ми (дезертирами) не заключают

Ну его же все таки вернули обратно

Будут, если нет задолженности по зарплате которою он получал в бегах. Точней ее надо вернуть государству.