Мало мерить калорийность. Скорее всего, вы недополучаете необходимое количество жиров. Именно они влияют на месячные.
В большей степени углеводы это энергия, белки это мышцы, жиры это месячные. Если ваши 1500-1800 ккал не имеют достаточное количество белков и жиров, вы будете худеть, но дряблеть (мышцы в первую очередь истощаются) и пропадут месячные.