Он вам отказал не в исповеди, а в отпущении греха и не допустил к причастию. Государственный брак церковь признает за законный, даже если вы не венчаны. А то , что вы называете гражданским браком- это блуд, смертный грех. И вы в нем не раскаиваетесь. А без осознания грехов и раскаяния не может быть отпущения этих грехов, следовательно к причастию человека не допускают. Если бы вы священнику сказали, что не будете жить со своим мужчиной до брака, и что вы раскаиваетесь в своем поступке, то он вам грехи отпустил и к причастию благословил.