Я держу хозяйство, в том числе и курей, выращивают их и на мясо и на яйцо, 90 % для себя и только 10% на продажу. Так вот из собственного опыта, грязные яйца это означает, что курица их несёт в грязи, т. е. где они содержатся там не чисто, а там где грязь и воняет там и мухи, а мухи это глисты.. Лично у меня у них на подстилка только сосновые опилки, корма только на время кормления, они не лижат, чтобы начали пропадать, на 50 голов несушок 15 соток, которые розделены на 3 загон, в одном травку съели... переходим на другой... овощи и фрукты покупаю на опте, кукуруза, пшеница, ячмень и семички только у одних продавцов уже более 10 лет, и конечно 2 раза в год обработка помещения и глистогонка всей живности. Купила как-то несушок на ферме, очень дёшево, оказались все с глистами, так ещё и оплачивала их утилизацию. Что вам хочу сказать, и там и там может быть болячка, только с фермы вы никак не проверите, искать по знакомым где кто у кого покупает, посмотреть условия содержания, и Вам станет понятно.
Вроде как, сальмонелла может быть на грязной шкарлупе, а в магазине яйца чаще всего чистые.