Можно обрезать до запекания. Если посмотрите на ютубе рецепты, то увидите, что одни вырезают до, другие после выпечки. Посмотрите, какие у них коржи в итоге. Я особой кривизны в коржах, вырезанных до выпекания, не увидела. Для меня приемлемо, короче. Вам лучше самой посмотреть.
Если вырезать после выпекания, то они будут ровнее, однако делать это нужно пока коржи горячие и мягкие, со временем они остывают и могут поломаться.