В начале 2023 года Костомаров заболел обычным гриппом, принимал обезболивающие и занимался самолечением. 8 января, будучи больным, попарился в бане и искупался в проруби, что привело к крайне тяжелому течению болезни[17]. 10 января был госпитализирован с пневмонией в реанимацию больницы в Коммунарке в крайне тяжёлом состоянии. Тесты на COVID-19 и грипп показывали отрицательные результаты[18]. Более девяти дней Костомаров был подключён к аппарату ИВЛ и введён в медикаментозную кому[19][20]. С 19 января в состоянии Костомарова началась положительная динамика по части пульмонологии[21].
Однако длительное подключение к аппарату ЭКМО привело к нарушению кровообращения, вызвавшему проблемы с мелкими сосудами пальцев рук и ног. Началось постепенное отмирание тканей конечностей, и было принято решение об ампутации пальцев ног, где уже распространялась гангрена[22]. 6 февраля была проведена операция с целью убрать некроз. В итоге Костомарову ампутировали обе стопы[23]. Позднее стало известно о более серьёзных ампутациях[24]. Ему поставили инвалидность 1 группы