Существуют плавленые сыры специальные для супов и соусов. "Янтарь", "Дружба", "Хохланд Кремчиз", они имеют пастообразную консистенцию без твердых вкраплений.
А вот классические треугольники в фольге использовать не стоит, они содержат соли-плавители, которые сворачиваются в горячем бульоне.
Также можно использовать твердые и полутвердые сыры. Чеддер придаст супу насыщенный желтый цвет и сливочный вкус. Гауда и Эдам легко плавятся, вкус приятный. Российский сыр тоже подходит, бюджетный вариант.
Для пикантности в конце можно добавить пармезан.
Берите жирные сорта (от 45%) чуть подмараживайте в морозилке и мелко трите на терке.
Комки появляются, если сыр бросили в кипящий бульон — белок сворачивается. Или просто крупные куски сыра не успевают раствориться. А может в супе недостаточно жидкости и жира. Можно развести сыр в ковшике с горячим бульоном, затем вылить в суп.